Kurikulum yang diterapkan di MBS Muhiba Yogyakarta adalah perpaduan antara Diknas yang mengacu pada Kurikulum Merdeka dan kurikulum pesantren yang salah satu acuan kami dari Lembaga Pengembangan Pondok Pesantren Muhammadiyah. Sehingga terciptalah kurikulum yang ideal dalam pembelajaran MBS Muhiba Yogyakarta.