Ekstrakurikuler Pilihan merupakan kegiatan peningkatan kemampuan para santri sesuai dengan minat dan bakat masing-masing. Dengan ekstrakurikuler ini para santri diharapkan dapat mengembangkan potensi diri sehingga dapat berprestasi di tingkat lokal, nasional maupun internasional.
Beberapa ekstrakurikuler pilihan yang ada di MBS MUHIBA Yogyakarta adalah :
- Futsal
- basket
- badminton
- volly
- E-Sport (Mobile Legend)
- music
- sepak bola