MBS MUHIBA Yogyakarta lahir dari semangat revitalisasi pada Februari 2014. Bermula dari ide memanfaatkan lantai dua masjid yang tidak dipakai, lembaga ini bertransformasi menjadi pesantren modern yang memadukan kurikulum ISMUBA dan nasional. Meski sempat menghadapi tantangan perizinan dan keterbatasan sarana di tahun pertama, kini MBS MUHIBA Yogyakarta telah berkembang menjadi pusat pengkaderan mubaligh unggulan.
Proyek ini diinisiasi dan dikonseptualisasikan oleh beberapa tokoh kunci, di antaranya:
• Pak H. Human Saptaputra, M.Pd sebagai pencetus serta penanggungjawab atas ide akan didirikannya MBS MUHIBA Yogyakarta
• Ust. Muhadjir, S. Ag sebagai Konseptor utama dan penggerak revitalisasi sampai pada yang menjamin mutu yang berjalan
• Pak Dwi Sumariyanto, S.Kom. Gr. sebagai Tim IT sekaligus pendamping teknis dan penanggungjawab tim promosi kesemua sektor
• Ust. Drs. Asrowi sebagai penanggung jawab sarana prasarana untuk mendukung kecukupan dan kesiapan awal berdiri MBS MUHIBA Yogyakarta.
Adapun MBS MUHIBA Yogyakarta Berlokasi di kompleks SMA Muhammadiyah 1 Bantul (Muhiba) dan Masjid AR Fachrudin, Yogyakarta. Tahun Ajaran 2014/2015 Angkatan pertama MBS MUHIBA Yogyakarta resmi dibuka dengan mendapatkan 21 santri putra. Dan pada tahun 2015/2016 Mulai membuka angkatan santri putri dengan menerima 28 santriwati.
Ada dua alasan fundamental yang mendorong semangat para pendahulu untuk mendirikan MBS MUHIBA Yogyakarta:
1. Kebutuhan Kader: Keinginan untuk mencetak kader Muhammadiyah/Mubaligh yang tidak hanya kuat secara agama (Al-Qur’an & Hadis) tetapi juga menguasai ilmu umum untuk bekal ke perguruan tinggi.
2. Eksistensi Sekolah: Menjawab tantangan berkurangnya minat siswa reguler (SMA) akibat munculnya sekolah kejuruan (SMK) di lingkungan sekitar, sehingga sekolah perlu “pembeda” melalui program unggulan boarding.
salah satu strategi yang saat itu menjadi ujung tombak adalah Melakukan strategi “jemput bola” ke PDM-PDM di seluruh Indonesia, penyebaran brosur, hingga kerja sama dengan media (Suara Muhammadiyah) untuk menarik minat santri dari luar daerah, bahkan hingga Bengkulu.